FAT = Utilizada nos sistemas anteriores a versão 2000(Win 95, Win 98, ME...)
NTFS = Utilizada nas versões "2000" em diante (Win 2000, Win NT 4 com SP 4, Win XP...)
O FAT32 é uma versão 32-bit do sistema de arquivos FAT usado pelo MS-DOS e outros sistemas operacionais baseados no Windows. O FAT32 suporta discos de até 2 terabytes de tamanho, com partições máximas de até 128 gigabytes cada. O maior arquivo que pode existir em um disco FAT32 é de 4 GB, que é provavelmente maior do que qualquer arquivo vai ser de qualquer modo. O FAT32 foi introduzido com o Windows 95 OEM Service Release 2 e vem incluído também no Windows 98 e no Windows Me. Se fizer a atualização para o Windows XP, será perguntado se você quer converter seu sistema de arquivos para NTFS. Se você executar uma instalação nova do Windows XP, o NTFS é o sistema de arquivos padrão.
Em aplicações que não são jogos, o NTFS é claramente o sistema de arquivos superior por inúmeras razões. O NTFS é um sistema de arquivos muito mais robusto.
A última versão do NTFS é suportada pelo Windows 2000, Windows NT 4 com Service Pack 4 e Windows XP. A versão possui todos os recursos do FAT, com vantagens entre as quais se incluem:
• O tamanho do arquivo é limitado apenas pelo tamanho do volume de uma partição.
• A compressão de arquivos é nativa do NTFS. Arquivos em um disco NTFS podem ser comprimidos sem a necessidade de aplicações terceirizadas como o DriveSpace.
• Os arquivos em um sistema de arquivos NTFS podem ser criptografados. Melhor ainda, os arquivos podem ser criptografados quando são escritos e decriptados enquanto são lidos, tornando a criptografia transparente para o usuário.
• O NTFS suporta uma elevada segurança de arquivos. Os direitos de acesso para arquivos e pastas podem permitir aos usuários um acesso completo, parcial ou nenhum acesso.
• A limitação teórica de tamanho de disco rígido relacionado ao NTFS é a quantidade vertiginosa de 16 exabytes.
Outra principal vantagem do NTFS é que ele é recuperável. O NTFS mantém registro de transações individuais: leituras e escritas. Quando um usuário executa o utilitário de reparo de disco CHKDSK no NTFS, ele mantém um registro das transações de modo que se o CHKDSK encontrar erros, ele precisa apenas voltar para o último ponto de recuperação para fazer o reparo do sistema de arquivos.
Possivelmente o aspecto mais importante do sistema NTFS sobre o FAT32 em termos de desempenho é este: no FAT32, à medida que aumenta o número de arquivos em uma partição, o desempenho do sistema diminui. Não é o caso do NTFS; seu desempenho permanece consistente à medida que o número de arquivos e o tamanho do disco aumentam.